La masacre ocurrió aproximadamente 5 años antes de que comenzara la serie. Itachi Uchiha fue un respetado y altamente calificado miembro del Legendario Clan Uchiha. Itachi deseando más poder quería liberar todo el potencial de su clan. Una noche asesinó a todos excepto a su hermano Sasuke, en un esfuerzo para poner a prueba su capacidad. También utilizó la masacre para despertar el legendario Mangekyou Sharingan, una avanzada variación del Sharingan que pocos han logrado. Más tarde se revela que Itachi Uchiha no derroto sólo a todo el clan sino que recibió la ayuda de Madara Uchiha.

Esta versión de la historia es refutada posteriormente por Tobi, que sostiene que los Uchiha liderados por Fugaku Uchiha planeaban un Golpe de Estado sobre la aldea utilizando a Itachi como espía en ANBU, el joven Itachi traicionó a su clan por el bien de la aldea y acabó con todo su clan exceptuando a su hermano Sasuke siguiendo órdenes del consejo y Danzō y sin que los intentos de reconciliación de Sarutobi funcionasen. El plan culminaría con el exilio del propio Itachi.